《幕末日本海军史》主要考察了作为近现代日本海军发展基础的幕末日本海军近代化的发展历程。全书先回顾了占代日本海军（或水军）的发展概况，其后分锁国海防的终结、幕末海防论、幕末海军教育、造船厂（所）的兴建、诸藩海军建设、幕末海战等几个专题对幕末日本海军发展进行了全面深入的考察。