时值江户时代末期，世人惧怕的最强忍者“画眉丸”因擅自脱离门派被捕入狱。这时，专任处刑执行人的“山田浅卫门佐切”告诉他，如果能从传说中的极乐净土带回“长生不老的仙药”，就能无罪释放。 佐切等人经过一番激战，成功打倒了守护仙药的天仙之一牡丹。画眉丸等人也顺利击退了因过度使用“气”导致失控的亚左吊兵卫。双方成功会合，在洞中商讨起作战方案。与此同时，由众多强者组成的增援组奉幕府之命开始动身赶往秘岛，寻找仙药的任务迎来了更为混乱的局面……